پنیرها در انواع و اقسام مختلف با ظاهر، رنگ و بوی متفاوت وجود دارند؛ برخی پنیرها مانند موزارلا ملایم و نرم هستند‌ برخی دیگر مانند پارمزان شور و سفت. بعضی بوی تندی دارند که مشام را آزار می‌دهد و برخی با رگه‌های آبی‌رنگ‌شان جلب توجه می‌کنند. با این حال، تقریبا همه هزاران نوع پنیر جهان در ابتدای کار شکلی یکسان دارند؛ یک توده سفید و لاستیکی کشک‌مانند.اما پنیرها چگونه از پایه‌ای یکسان به هزاران تنوع می‌رسند؟ پاسخ حول محور میکروب‌ها می‌چرخد. پنیر مملو از باکتری، مخمر و کپک است. بالتاسار مایو، محقق ارشد موسسه تحقیقات لبنی آستوریاس در اسپانیا می‌گوید: «بیش از 100گونه مختلف میکروبی را می‌توان به راحتی در یک نوع پنیر یافت. به عبارت دیگر، پنیر فقط یک میان‌وعده نیست، یک اکوسیستم است. هر برش پنیر حاوی میلیاردها میکروب است و آنها عاملی هستند که پنیرها را متمایز و خوشمزه می‌کنند».مردم از اواخر عصر حجر، پنیر درست می‌کردند اما به تازگی دانشمندان شروع به مطالعه ماهیت میکروبی آن کرده‌اند و در مورد درگیری‌های مرگبار، اتحادهای صلح‌آمیز و همکاری‌های مفیدی که بین ارگانیسم‌هایی که پنیر را خانه خود می‌نامند، یاد می‌گیرند. دانشمندان برای این که بفهمند چه باکتری‌ها و قارچ‌هایی در پنیر وجود دارد و منشأ آنها کجا‌ست، از پنیرهای سراسر جهان نمونه‌برداری کرده و DNA موجود در آنها را استخراج می‌کنند. در گذشته این باکتری‌ها از راه‌های مختلفی چون دست شیردوش، محیط گاوداری و حتی وسایلی چون سطل که با شیر تماس داشتند منتقل می‌شد. با پاستوریزه‌کردن شیر باکتری‌های که به طور طبیعی همراه شیر هستند از بین می‌رود و با مکانیزه‌شدن فرآیند تولید پنیر همه چیز کنترل‌شده‌تر پیش می‌رود اما تنوع میکروبی کمتر به معنای تنوع پنیر کمتر است.