قدوس به لطف این درخشش، به اردوی تیم‌ملی سوئد دعوت شد اما مربی پرتغالی خدا خدا می‌کرد به او بازی نرسد تا در سکوت بتواند پیراهن ایران را تن او کند. سرانجام بعد از چند ماه مذاکره و وعده هیجان‌انگیز حضور در جام‌جهانی 2018، سامان پذیرفت به تیم‌ملی ایران ملحق شود. او شهریور 1396 به صورت رسمی به تیم‌ملی دعوت شد اما بدون شک، اوضاع آنگونه که فکر می‌کرد برایش پیش نرفت.
قدوس در جام‌جهانی روسیه نیمکت‌نشین بود و در هر سه بازی با  مراکش، اسپانیا و پرتغال به عنوان یار تعویضی به میدان رفت. کی‌روش به او وعده داد که در جام ملت‌های 2019 بازیکن فیکس می‌شود اما با فرا رسیدن این مسابقات، دوباره قدوس نیمکت‌نشین شد. بعد از جدایی کارلوس و حضور اسکوچیچ، نیمکت‌نشینی او تداوم پیدا کرد. در آستانه جام‌جهانی، اسکوچیچ رفت و کی‌روش برگشت تا سامان را در فهرست بازیکنان منتخب خود قرار دهد ولی در قطر هم او فقط در دیدار برابر آمریکا آن هم در شروع نیمه دوم به زمین رفت. 
بعد از جام، کی‌روش رفت و این بار دوباره نوبت به امیر قلعه‌نویی رسید. در لیست اول او نامی از سامان دیده نمی‌شد. همه تصور می‌کردند امیر، قدوس را خط زده و قصدی برای دعوتش ندارد اما مشخص شد علت غیبت او، هماهنگی با کادرفنی برای ادامه حضور در تمرینات برنتفورد انگلیس بوده است. چند روز قبل اما یک رسانه آلمانی خبر داد علت غیبت قدوس «خداحافظی از تیم‌ملی» است. این خبر بازخورد زیادی در ایران داشت و اکثر رسانه‌ها به آن پرداختند اما نه سامان و نه اعضای کادر فنی ایران واکنشی نسبت به انتشار این خبر نشان ندادند. آیا قدوس واقعا از تیم‌ملی خداحافظی کرده است؟ آیا این بازیکن 29 ساله دیگر نمی‌خواهد پیراهن ایران را به تن کند؟ 
ظاهرا این خبرها را نباید جدی گرفت چراکه دیروز یکی از نزدیکان قدوس در انگلیس به جام‌جم گفت سامان از تیم‌ملی خداحافظی نکرده است. او توضیح داد: «این اخباری است که رسانه‌ها می‌سازند و نمی‌دانیم منبع‌شان کجاست. سامان هیچ حرفی از خداحافظی نزده است و اگر مربیان تیم‌ملی دعوتش کنند، قطعا به تیم‌ملی ملحق خواهد شد.»